No Agrupamento de Escolas de Fazendas de Almeirim funcionam atualmente duas Unidades de Apoio Especializado. A UAE1 funciona na EB 2,3 de Fazendas de Almeirim acolhendo alunos do 2º e 3º ciclo. A UAE2 funciona na EB de Fazendas de Almeirim nº1 e acolhe os alunos do primeiro 1º ciclo.

As unidades procuram oferecer uma resposta de qualidade aos alunos, numa intenção clara de maximizar as potencialidades de todos e de cada um.